一、损害屋顶结构
光伏发电是利用半导体硅材料光生伏特效应原理，把太阳能转化为电能，所以光伏发电离不开两个主要的元素：充足的太阳光照，和硅材料太阳能电池板，也就是我们平时所说的光伏板组件。有了这两个要素还不行，从光伏板发出来的电是直流电，必须通过逆变器这种专业的工程设备把直流电转变为指定电压的交流电，相应的直流电缆线也不可少，还有就是钢材支架。一块光伏板发出来的电量毕竟是有限的，要想发出更多的电量，那就必须增加太阳能电池板的面积，接收更多的太阳光照的照射。太阳能电池板和钢材支架本身都是有重量的，如果屋顶是普通的砖瓦房结构，当光伏板组件的重量达到一定的程度，这样的房屋结构就承受不了，容易容易对房屋的整体结构造成损害、甚至倒塌。如果是现在建设的混凝土结构房屋，重量在其承受范围之内，安装效果还是要高一些的。
二、破坏屋顶上层结构
安装光伏板组件之前必须安装光伏板支架，地面集中式的光伏电站建设，都是用打桩机把预知制的水泥桩打进土壤里面，然后在桩柱上安装光伏支架，最后再安装光伏板组件。屋顶光伏则不相同，不具备那样的条件，只能人工在屋顶的表面打孔，然后安装膨胀螺丝加固光伏钢材支架。如果屋顶比较薄，在开孔的时候容易把屋顶打穿，刮风下雨的时候容易漏水，为了避免这种情况必须对屋顶再次做防水处理。
三、光污染问题
太阳能光伏板组件采用的工艺是单晶硅材料双面玻璃制品，其发电转化效率是：17%～24%。那么没有被太阳能电池板吸收的太阳光会被光伏板组件的玻璃面给反射到别的地方，如果安装光伏发电站的楼房房顶比较低，其周围存在居民小区或者别的楼房，会对周围的居民小区造成“光污染”，强光照射容易损害眼睛、会造成视力下降的可能性。
四、投资成本高
目前光伏板的价格一瓦大约1.7元左右，如果一个普通的家庭安装户用分布式光伏电站，装机容量10千瓦的光伏设备，光伏板组件就需要花费17000元，再加上光伏支架钢材的费用，以及直流线、接地线、加固件螺丝和逆变器的费用，前期投入9-10万元，再加上人工安装的费用以及后期维护的费用，6-7年左右才能收回投资的成本。普通人要权衡利弊之后，才能决定是否安装光伏电站，否则得不偿失。
五、安全隐患问题
如果遇到极端天气，比如刮大风、冰雹、雪灾天气，光伏板组件很有可能会被大风吹落砸到地面的行人或者汽车，造成不必要的人身或者财产损失。
如果遇到冰雹天气，可能会把光伏板表面的玻璃砸出裂纹，影响光伏板组件发电。所以在后期运营维护期间，对光伏电站进行投保，万一受到自然灾害，可以找保险公司进行理赔，减小自身损失。
